Im dritten Freien Training für den Grand Prix von Japan in Motegi stellte Honda-Werksfahrer Marc Marquez die Hackordnung wieder her. Der Weltmeister blieb mit seiner schnellsten Runde in 1:44.940 Minuten unter dem Pole-Rekord von 2012 und fuhr auf Platz eins. Allerdings war es ein turbulentes Training für Marquez. Schon nach seiner ersten schnellen Runde rollte der Spanier aus und stellte seine RC213V hinter der Leitplanke ab. Er kehrte zu Fuß an die Box zurück und bestätigte Motorprobleme.

Das Honda-Werksteam hatte für Samstag ein neues Triebwerk eingebaut. Da Marquez merkwürdige Geräusche hörte, stellte er das Bike sicherheitshalber ab und setzte das Training mit dem zweiten Motorrad fort. Auf dem Weg zu Platz eins kam er einmal in der Zielkurve von der Strecke ab. Ansonsten präsentierte sich Marquez souverän. Erster Verfolger war Valentino Rossi als Zweiter. Der Yamaha-Werksfahrer legte in seinen letzten Runden noch deutlich zu und verpasste Platz eins nur um 0,227 Sekunden.

Dritter wurde Pol Espargaro, obwohl der Spanier das Training im Kiesbett beendete. Als er in den Schlussminuten hinter Alex de Angelis (Forward-Yamaha) fuhr, verbremste sich Pol Espargaro vor Kurve drei und fuhr geradeaus ins Kiesbett. Er behielt die Kontrolle, kippte dann aber doch im tiefen Kiesbett um. Obwohl Pol Espargaro in den Schlussmomenten nicht mehr fahren konnte, blieb sein dritter Platz bestehen. Als Vierter reihte sich Jorge Lorenzo mit der zweiten Werks-Yamaha ein, dem 0,423 Sekunden auf Marquez fehlten.

Von den Topfavoriten hatte Dani Pedrosa Mühe auf Tempo zu kommen. Es bestand sogar die Gefahr, dass der Sieger von 2011 und 2012 aus den Top 10 fallen könnte, doch am Ende schaffte es der zweite Honda-Werksfahrer mit der achtschnellsten Zeit direkt ins Q2. In der kombinierten Zeitenliste aller drei Freien Trainings belegte Pedrosa Platz neun.

Knapp wurde es auch für Stefan Bradl (LCR-Honda). Der Deutsche fuhr um sechs Zehntelsekunden langsamer als am Freitag und belegte in der kombinierten Zeitenliste Rang zehn. Im Ergebnis des dritten Trainings wurde Bradl nur 13. Auf Marquez fehlten ihm schon 1,2 Sekunden.

Bester Ducati-Pilot am Samstagvormittag war Andrea Iannone als Vierter. Werksfahrer Andrea Dovizioso montierte nicht den extra-weichen Hinterreifen und wurde deshalb nur Neunter. In der kombinierten Zeitenliste war der Italiener dennoch als Zweiter sicher für Q2 qualifiziert. Ebenfalls direkt ins Q2 schafften es Cal Crutchlow (Ducati) und Bradley Smith (Tech-3-Yamaha).

Alvaro Bautista (Gresini-Honda) und Aleix Espargaro (Forward-Yamaha) verpassten knapp die Top 10. Deshalb müssen sie im Qualifying, das um 07:10 Uhr MESZ beginnt, in Q1 antreten. Aleix Espargaro konnte auch mit dem extra-weichen Hinterreifen keine Topzeiten fahren.

Direkt für Q2 qualifiziert:

Teilnehmer in Q1: